Verantwortlich für die Organisation und die Durchführung des Anlasses ist der Verein "Bodensee-Kirchentag Schaffhausen 2020". 

• Operatives Herzstück bildet die Geschäftsleitung, die dem vielseitig zusammengesetzten.
• Organisationskomitee vorsteht.
• Dem Vorstand obliegt die strategische Leitung und die finanzielle Verantwortung.
• Die Vereinsversammlung ist oberstes Organ, die den Vorstand wählt. 
• Die Vertreterinnen und Vertreter des Vereins pflegen den regelmässigen Austausch mit der international zusammengesetzten Echogruppe.